包括：酒精性肝硬化、药物及化学毒物等所致的急慢性肝功能衰竭，先天性肝纤维化，囊性纤维性肝病，巨大肝囊肿，布一加综合征，严重难复性外伤，自身免疫性肝炎等。
2、各种致病微生物引起的各类肝炎及肝硬化致肝功能衰竭，门静脉高压症包括：HBV及HCV所致的急慢性重型肝炎、肝硬化，血吸虫病，肝包虫病等，其中HBV感染相关的急慢性重型肝炎、肝硬化、肝功能衰竭是目前我国最多见的肝移植适应证，几乎占到所有病例的80%～90%，如何防治肝移植术后病毒再感染是这类疾病治疗的重点。
3、先天性代谢障碍性疾病如：Wilson氏病，糖原累积症，高氨血症，抗胰蛋白酶缺乏症，家族性非溶血性黄疸，酪氨酸血症等。此类疾病，患者由于某种物质代谢异常，可导致患儿早年夭折或发育异常，是小儿肝移植中较多见的适应证。
4、胆汁淤积性疾病如先天性胆道闭锁，原发性胆汁性肝硬化(PBC)，硬化性胆管炎(PSC)，继发性胆汁性肝硬化，卡洛里氏病，肝内胆管闭锁(Byler氏病)等，这类疾病，患者以黄疸为主要临床表现，该类患者黄疸可能很高，但肝脏合成功能可长时间保持正常。其中PBC、PSC移植后有复发的风险。
5、肝脏肿瘤肝脏恶性肿瘤无肝外转移及大血管侵犯时也可做为肝脏移植适应证。2000年世界移植大会在意大利米兰召开时，大会建议肝癌肝移植应按米兰标准执行，即单发肿瘤小于等于5cm3，多发肿瘤不超过3个，无主要血管侵犯。
