1、增加了糖的摄入

水果酵素在制作的同时需要加入大量的糖分来改善口味，尝起来滋味酸甜的水果酵素其甜味主要来源于事先加入的糖分以及水果自身所释放出来的糖，在让口味变得好喝的同时，也在无形中增加了人体对糖分的摄入。其实对健康而言，这种高糖的饮品并非什么最佳选择。

2、水果酵素的本质

这种将不同的水果、糖、水混合后密封保存做法其本质上就是一种自然发酵，实际上这种做法和常见的泡菜做法无异。这种仅仅是简单的依靠制作材料本身所携带的微生物，在自然密封的环境中繁殖形成一定的菌落，通过这些菌落代谢产生的物质十分复杂多样，且无法人为控制，会对人体健康产生潜在的健康风险。

3、难以避免的亚硝酸盐危害

及时是在卫生条件合格、没有收到霉菌污染的水果酵素来说，其健康风险依旧还是不容忽视的。众所周知，食入0.3～0.5克的亚硝酸盐即可引起中毒，3克导致死亡，而亚硝酸盐是水果酵素制作过程中难以避免的产物，虽然随着存放时间的延长，亚硝酸盐含量会下降，但增加的发酵时间则会增加其他物质的产生。

4、难以避免的霉菌污染

日常制作的水果酵素方法简单，卫生条件也无法保障，换个角度来说，所谓的水果酵素就是一瓶可以为各种细菌提供丰富营养物质的培养基。水果表面的一些致病菌。在一些特殊的情况下，一旦这些致病菌占到了上风快速繁殖。很多霉菌包括多种青霉、曲霉在内的霉菌都可能会在这瓶营养基中大量繁殖代谢，可以产生各种有毒甚至是致癌的代谢产物。