1、医疗饮食
进行胃切除、小肠末端切除、阑尾切除等外科手术，均可引起肠道菌群失调。此外，放射治疗也会降低了体内的免疫力，也会导致菌群失调。
2、年龄、体质饮食
老年人、体弱者、牛乳喂养小儿、过敏体质者忌精神高度紧张、工作过度疲劳、起居饮食无规律、体力活动少者，经常出现食欲不振、腹胀、嗳气、轻度腹泻、便秘或者腹泻与便秘交替等不适症状，这都是体质因素导致肠道菌群失调而造成。
3、疾病因素
当人患病后，整个机体处于一种非正常状态，因而会影响到肠道内菌群的正常平衡。如慢性胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡、肠癌、肝硬化、慢性肝炎等消化道疾病都可以使肠道有益菌群大量减少甚至消失，而大量的饿大肠杆菌、拟杆菌、梭菌等大量增加。甚至慢性肾炎、肺心病等非消化道疾病，也会导致肠道菌群失调。
4、药物因素
人体在使用抗生素杀死致病菌的同时，也会将肠道正常有益菌群大量杀死，但有些耐抗生素的致病菌却有机可乘，肠道内菌群“正不压邪”了，从而造成菌群失调甚至二重感染。长期服用抗癌药物和激素类药物，也会导致肠道菌群紊乱。
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