1、?胶囊内镜价格昂贵

胶囊内镜是一次性用品，没有传播各种病原体的可能。但同时也意味着价格不菲，就目前来讲，国内进行胶囊内镜的价格，大约在5000～10000元。

2、?胶囊内镜存在风险

胶囊内镜的运动完全是被动的，当消化道内有结构异常，比如大的溃疡、或者肠壁向外突出形成憩室时，胶囊内镜很可能会卡在溃疡或憩室当中出不来，这时候，就要依靠其他手段比如传统内镜甚至手术来取出胶囊内镜。 另外还有一些病人是不合适做胶囊内镜的：例如结肠癌导致肠腔狭窄、克罗恩病合并回盲部狭窄的病人，胶囊内镜有卡在病变狭窄部位无法通过的风险。

3、?胶囊内镜检查不受人为控制

胶囊内镜在消化道内的运动是被动的，比如在食管内，随着吞咽胶囊内镜在几秒内就会通过食管，到达胃里，所以它对食管的观察是非常不可靠的。在胃里也是可能会产生大量的盲区，胶囊内镜只能观察到胃里20%～30%的区域。 目前胶囊内镜在检查过程中但总体来说漏检率还是比较高，无法完全满足临床应用的要求。因此胶囊内镜目前尚不能替代传统胃肠镜检查.

4、?胶囊内镜的未来

作为一项无痛苦、易操作的检查手段，胶囊内镜一直在不断的发展，随着它的一些缺点也可以通过技术的发展一项项被克服。我们有理由相信，在今后，会出现能够控制运行方向、并且能够取活检的胶囊内镜，可以替代胃肠镜检查。

5、胶囊内镜无法取活检

胃肠镜检查发现病变时，检查者通过活检钳，取病变的组织来进行病理学检查，确定病变的性质，目前胶囊内镜没有办法做到这一点。