1、区别一：传播途径不同

乙脑是由乙脑病毒引起的，此种病毒通过蚊虫先在牲畜(如幼猪、马、牛等)中传播，而后再传播给人。流脑则是由脑膜炎双球菌引起的，是由带菌者或病人经呼吸道飞沫传染。

2、区别三：发病症状不同

两种病发病开始都有发热、头疼、恶心呕吐，典型病人可以有嗜睡、抽搐、昏迷等，但乙脑病人没有菌血症期，不会出现皮肤淤点，也少有很快出现休克者;重症的病人都会发生颅内压增高的种种危险症状，但乙脑病程进展不象流脑那么迅速;流脑一般病程为7~10天左右，恢复期常在口、鼻周围起疱疹

乙脑病程约经2周方进入恢复期，甚至在发病6个月后仍遗留神经、精神方面的症状;两者的脑脊液化验结果也有很多不同，流脑在脑脊液涂片或培养时可发现脑膜炎双球菌，脑脊液浑浊如米汤样，白细胞数和蛋白质明显增高，而糖和氯化物减少，乙脑的脑脊液呈澄清或微混，白细胞数和蛋白质仅轻度增高，糖和氯化物一般正常。　　以上是乙脑和流脑的3个主要区别。家长在日常护理孩子时，也要注意留心孩子的身体状况。孩子一旦出现发热、头疼、恶心呕吐等症状后，家长除了及时送孩子就医外，也要学会如何区别这两种症状，做到心中有数。

3、区别二：发病季节不同

乙脑流行有严格的季节性，大都在夏季和初秋。而流脑流行于冬末开始，春节盛行，到初夏就明显下降，季节性不如乙脑严格。