扁平疣的治愈是一个比较长期的过程。扁平疣是由于感染了人类乳头瘤病毒的低危亚型引起。扁平疣在逐渐愈合期间，慢慢地会先出现颜色的改变，颜色逐渐变深变暗，这是由于疣体萎缩，色素代谢障碍使颜色变深；其次疣体体积会缩小皱缩，表现出萎缩的特征。个别疣体由于基底部的破坏会出现逐步脱落的情况。因而也会出现轻微发红的症状。但扁平疣的愈合症状也是因人而异的，个别人会有不同的症状出现。