牙根发黑有外因和内因两种原因。外因是一些含有黑色素的物质粘附在牙齿上，是牙齿变黑、茶垢、吸烟或某些含有色素的食物等使一些物质粘附到牙齿上，使牙齿逐渐变黑或变黄。内因是在牙齿发育过程中形成的，饮水中氟含量过高，服用四环素药物过多，使某些色素沉积在牙齿本质中，造成牙齿变黑，这种情况不易改变。因此，了解牙齿变黑的原因后，可以根据原因进行预防。